Per verificare qual'è l'idea che ha il PHP della propria timezone si può eseguire il seguente codice:

print date_default_timezone_get() . "\n";
date_default_timezone_set('Europe/Rome');
print date_default_timezone_get() . "\n";

In generale si dovrà impostare il file /etc/php5/apache2/php.ini (o simile, controllare in che ambiente viene eseguito il PHP):

date.timezone = "Europe/Rome"