Per tenere traccia dello stato delle due repliche (i due repository da tenere sincronizzati), unison crea dei file nella directory $HOME/.unison/. In particolare per ogni coppia di roots (sorgente e destinazione) vengono creati due file ar<hash> e fp<hash>.

I file ar sono Unison archive format 22, contengono i metadati di tutti i file presenti nelle repliche (timestamp, hash, ecc.). I metadati verranno usati per determinare se un file è cambiato e deve essere sincronizzato. I file sono di tipo binario, ma le prime tre righe sono leggibili come testo e contengono informazioni del tipo:

Unison archive format 22
Archive for root //host1//data/media/music synchronizing roots
    //host1//data/media/music, //host2//home/media/musica
Written at 2021-09-13 at  9:45:20 - case sensitive mode

Le dimensioni di questi file dipendono dalla quantità di file presenti nelle repliche, ad esempio per circa 3500 file la dimensione è 335 Kb.

I file fp sono Unison fingerprint cache format 2.